新時代への胎動（2000 -)

1990年代の不況で発生した貧富の格差が拡大し、通信技術の普及により情報公開が進む中で、大学はその実力を数値化され、「勝ち組･負け組」に選別されるようになった。社団法人北里研究所と学校法人北里学園は、先進的な学校経営に向けて協同を始める。基礎研究所の一部と生物機能研究所が北里大学へ移籍し、北里生命科学研究所を開設、その教育部として大学院感染制御科学府を開設した。両部門を中核とした研究は文部科学省ＣＯＥプログラムに採択され、大きな成果を挙げた。

その後紆余曲折を経て、2006（平成18）年の北里柴三郎の命日に両法人は統合契約を締結、多角的かつ安定的な経営基盤の確立を目指すこととなった。なお、現在の学際的かつ総合的な取り組みである「チーム医療教育プログラム」や「農医連携の教育・研究」がスタートし、専門性の高い優れた人材を育成する環境が実現したのもこの時期である。