明治6年
3月23日（旧暦）、島根県美濃郡都茂村（現: 益田市）にて山根道恭の8 男として生れる

明治20年
都茂村の医家秦徳太の養子になる

明治28年
岡山第三高等学校医学部（現：岡山大学医学部）を卒業、一年志願兵として東京近衛一連隊入隊

明治30年
軍務を終了、岡山県立病院助手として井上善次郎に内科学を荒木寅三郎に師事して医化学を修める

明治31年
岡山県立病院を辞職
私立伝染病研究所に入所、ペストの研究に着手

明治32年
伝染病研究所が国立となり同所助手となる
臨時ペスト予防液製造事務取扱、および臨時検疫事務官を兼務

明治34年
国立血清薬院技師を兼務

明治37年
日露戦争の召集に応じて南満州に従軍

明治38年
似島検疫所設置のため召還され、検疫にあたる
大阪の陸軍予備病院で伝染病室及び細菌検査室に勤務
10月に除隊し、11月に伝染病研究所技師に戻る

明治40年
国立伝染病研究所第三部長
ドイツ留学、ベルリンのコッホ研究所でワッセルマンの下で免疫の研究

明治41年
モアビット市立病院でヤコビーの下で研究

明治42年
フランクフルトの国立実験治療研究所に移り、エールリッヒを扶けてスピロヘータ病の化学療法の研究に従事

明治43年
梅毒の特効薬「サルバルサン」（606号物質）をエールリッヒと共に発見
コッホの臨終に立会い、その後帰国

明治44年
サルバルサンに関する勲功で勲五等双光旭日章を受章

明治45年
「螺旋病菌のヘモテラピーの研究」により医学博士号取得

大正2年
日本結核予防協会設立に参画

大正3年
国立伝染病研究所及び内務技師を依願免職、北里研究所の創立に参画、部長

大正4年
鈴木梅太郎と共に「国産サルバルサン」の製造に成功

大正7年
社団法人北里研究所の理事

大正9年
慶応義塾大学医学部教授、細菌学を担当

昭和6年
北里研究所理事副所長（～ 1938年）

昭和8年
帝国学士院会員

昭和9年
「深達性消毒薬の実験的研究」により浅川賞を受賞

昭和13年
11月22日脳軟化症のため逝去（65歳）、青山斎場にて北里研究所葬